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以福州山仔水库蓝藻发生期的水样为材料，分离获得了2株形态不同的蓝藻。在形态学鉴定的基础上，进一步以16SrRNA基因为分子标记，对分离获得的2株水花蓝藻进行了分子鉴定。结果显示：山仔水库夏秋发生的水华优势种为铜绿微囊藻（Microcystis aeruginosa），春末发生的水华优势种为浮游鱼腥藻（Anabaena planctonica）。研究首次对山仔水库不同季节的水花蓝藻种类进行了生物鉴定，其结果可为蓝藻水华的监测与防治提供基础性资料。