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三峡库区地处长江流域，跨湖北、重庆两省市，水资源蕴藏量十分丰富。三峡库区目前总体水质良好，但部分地区水质污染严重。库区污染源主要为工农业废水、生活污水、城市径流和船舶流动污染源等，库区蓄水156米尾端将达重庆的郭家沱，三峡工程建成以后，三峡库区将形成670多公里长、蓄水量400亿立方米、水域面积1000平方公里的巨大水库，江面变宽，这将大大促进长江航运的快速发展，同时，船舶数量将迅速增加，排污程度将增大，库区的自净能力将大为减弱。因此，必须关注三峡库区的船舶污染防治。