资金是推进形成主体功能区的重要支撑,正确处理好资金配置中政府和市场的关系是其有效发挥作用的关键。中国不同类型主体功能区在建设初期面临不同的资金约束和资金需求特征,必将带来区域资金配置中政府与市场关系的差异,为了制定更有效、合理的主体功能区资金保障政策,有必要对此进行深入分析。首先建立由市场资金和政府资金构成的区域资金来源结构,其中资金市场化程度指标与中央财政依赖度指标分别反映了区域市场资金相对吸引能力和中央政府财政的支撑力度;选取已经发布省级主体功能区规划的12个省级行政单元为研究区,对理论分析进行验证。结果表明:四类主体功能区中,开发类地区市场资金比重大于保护类地区,优化开发区市场资金比重大于重点开发区。基于主体功能区规划的初衷,开发类地区更加注重经济效益,且具有更高的预期经济收益,这是其市场资金比重高于保护类地区的主要原因;而在开发类地区内部,优化开发区转型升级产生的资金溢出压力远小于其优越投资环境产生的资金吸引力,这是其市场资金比重高于重点开发区的主要原因。