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以普通水稻为对照,以基于16S rDNA基因以及功能基因的高通量测序技术为手段,比较分析了栽培稻田土与东乡野生稻原生境土壤中微生物群落结构差异,并利用RDA分析探讨了环境因子与细菌群落结构的关系。结果表明:在氮磷钾营养物质、土壤细菌多样性和固氮菌多样性上,东乡野生稻原生境土壤均高于栽培稻土壤。东乡野生稻原生境土壤中细菌优势门为变形菌门、放线菌门和绿弯菌门。栽培稻土壤中优势门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门、绿弯菌门和酸杆菌门。东乡野生稻土壤中固氮菌的优势属为慢生根瘤菌、Pseudaci