长江华溪蟹β-actin基因cDNA扩增及分子系统发育初步分析

来源 :上海海洋大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hongjiansu1
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利用RT-PCR技术,扩增了长江华溪蟹(Sinopotamon yangtsekiense)β-actin基因片段,测序并结合GenBank数据库中蓝蟹(Callinectes sapidus)、中华绒螯蟹(E.sinensis)、黑背地蟹(Gecarcinus lateralis)、张口蟹(Neohelice granulata)、远海梭子蟹(Portunus pelagicus)、锯缘青蟹(Scylla serrata)6种蟹的同源序列进行比较。结果显示:在长为338 bp的β-actin同源序列中有115个变异位点,57个单碱基变化位点。7种蟹的种间核苷酸变异值从1.6%到25.3%,碱基替换比值从0.740到4.050,其中锯缘青蟹和远海梭子蟹亲缘关系很近,长江华溪蟹和地蟹、张口蟹亲缘关系较远,而中华绒螯蟹和远海梭子蟹关系较远。用NJ法和ML法构建了分子系统树,得到了相同的拓扑结构。系统发育分析表明长江华溪蟹单独形成一支,与其它海洋蟹的亲缘关系远,支持溪蟹单独划分总科。锯缘青蟹和远海梭子蟹先聚在一起,然后和黑背地蟹聚在一起,再和弓蟹科的张口蟹聚在一起,与传统形态学分类系统稍有不同。 The β-actin gene fragment of Sinopotamon yangtsekiense was amplified by RT-PCR and cloned into GenBank database and sequenced. Gecarcinus lateralis, Neohelice granulata, Portunus pelagicus and Scylla serrata were compared. The results showed that there were 115 variation sites and 57 single-base variation sites in the 338-bp β-actin homology. The interspecific nucleotide variation of seven crabs ranged from 1.6% to 25.3%, and the ratio of base substitutions ranged from 0.740 to 4.050. Among them, the crabs were closely related to the crabs, Relatives distant relationship, and Eriocheir sinensis far-sea crab and distant relations. Using NJ method and ML method to construct the molecular phylogenetic tree, the same topology structure is obtained. Phylogenetic analysis showed that the Yangtze River Huaxi crabs formed a single, far away from other marine crabs, and supported the separate division of crabs and crabs. Margin crabs and the sea crab first clustered together, and then together with the black back to crab, and then the crab family crab together crabs, with the traditional morphological classification system is slightly different.
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