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本文从制度创新过程中的制度变异概念入手．分析f制度变异的具体表现。这些现象主要是缺乏市场观念．没有进入市场的胆识；税赋不等．“搭便车”现象普遍存在：国有产权虚置．国有投资主体的代理人不明确；现行的科研运作模式与现代科研开发不适应：改制为科技股份合作制．运作不规范。提出了在新形势下克服制度变异的对策。首先要明晰模糊不清的产权．培植经理人员队伍。其次是完善国家负责的产权主体的监督管理机制。第三．完善科研项目的后评价体系．加强已上科研项目的管理和眼踪。