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从新制度主义理论的组织认知文化角度出发，探讨高校与工程院所联合培养博士生存在的问题及根源，主要研究大学学科组织和工程院所课题组织之间的文化差异，包括结构文化冲突、制度文化冲突、研究文化冲突和培养文化冲突。为进一步促进人才的协同培养和科技协同创新的顺利开展，消弭大学组织和工程院所组织文化冲突在联合培养博士生中的消极影响，需从结构、制度和学科等方面进行融合。