目的　探讨芍药 (PaeonialactifloraPall.)的野生群体和栽培群体之间的遗传分化与中药材赤芍和白芍道地性形成的关系。方法　应用RAPD技术 ,使用 2 1条随机引物对来自 11个产地的 4 3株有代表性的芍药样品进行PCR扩增。结果　 (1)芍药在物种水平上的多态位点比率为 85 2 6 % ,基因多样度为 0 16 6 ;其中野生群体 (77 6 1% )高于药用栽培群体 (5 4 96 % )及观赏栽培群体 (6 1 76 % ) ;(2 )芍药群体间的遗传变异占总变异的 2 9 5 0 % ,基因分化系数为 0 2 5 4 ;野生与药用群体之间遗传距离最远 (0 36 32 ) ,药用与观赏群体之间遗传距离最近 (0 0 973) ,群体间遗传分化显著 (P <0 0 0 1) ;(3)从聚类图看 ,芍药种内大致分为野生与栽培两大类群。在野生群体中来自多伦的芍药单独聚为一类 ;在药用栽培群体中产于安徽亳州的与产于浙江磐安、缙云的芍药各聚为一类。结论　首次揭示了芍药种群的遗传分化 ,在分子水平上为赤芍和白芍道地性的形成找到依据。鉴于多伦产芍药 (赤芍道地药材的主要来源 )的种质资源面临灭绝的危险 ,建议列为濒危种质加以保护。