旨在探究大熊猫粪便中微生物组成以及耐药基因和寄生虫的真实情况.采集6只健康成年大熊猫的新鲜粪便,利用宏转录组学测序技术分析大熊猫粪便微生物组成及功能、耐药基因种类、丰度和寄生虫的组成,探讨优势细菌与耐药基因的相关性.结果表明,大熊猫粪便内微生物种类多样,包括细菌、真菌和病毒等,但以细菌为主.在门水平上,细菌类群中厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为优势菌门,在真菌菌门中担子菌门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)和毛霉亚门(Mucoromycota)相对丰度较高,雌性和雄性大熊猫粪便菌群丰度没有显著性差异(P>0.05).Unigenes功能分析表明,大熊猫粪便微生物的功能主要涉及碳水化合物、氨基酸代谢等过程.在大熊猫粪便中共检测出25大类、304种耐药基因,其中,外排泵类基因的种类最多、相对丰度最高.此外,在大熊猫粪便中共发现63属126种寄生虫,寄生虫种包括线虫、绦虫和吸虫,其中,线虫为优势虫种.通过相关性分析发现,链球菌属(Streptococcus)、埃希杆菌属(Escherichia)、肠球菌属(Enterococcus)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)与外排泵类、喹诺酮类、四环素类、糖肽类、多肽类和磺胺类耐药基因呈显著正相关性(P<0.05).本研究从宏转录组水平揭示了大熊猫粪便中微生物、耐药基因组成以及寄生虫种类,对大熊猫微生物相关疾病和寄生虫病防控具有重要意义.