无论在备案审查中还是在附带审查中,规范性文件的合法性审查皆面临着以何种逻辑顺序进行审查的难题。个别审查机关业已尝试突破,但理论研究者还未给予直接关注。在规范性文件合法性审查的诸类型中,整体审查与部分审查、有效性审查与兼容性审查、抽象审查与具体审查、形式审查与实质审查之间,在法理上存在一定的先后关系。根据被审对象的特点、审查内容的特性,及其在法律逻辑与法律论证中的层次,规范性文件合法性审查的逻辑顺序应当是:先整体审查后部分审查,先规范有效性审查后规范兼容性审查,先抽象的形式审查后具体的实质审查。只有按此顺序审查才有可能做到审查工作不重复、审查内容无遗漏。如果在审查过程中颠倒而行,不但会造成审查工作不全,还会导致先得审查结论被后来审查结论否定的情况。规范性文件的合法性审查应按前列逻辑顺序渐进而为。