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统计学方法在复杂疾病的基因定位方面起着至关重要的作用。文中就目前基因定位所采用的统计方法的现状予以综述，并对这一研究领域存在的主要问题进行了分析。目前用统计学方法进行基因定位基本上每次只考虑一个标记或者一个基因（单倍型方法）。这些方法忽视了多座位的功能遗传整体比单个座位对性状变化产生更大的影响。本文提出把定位有交互效应的基因看成一个模型选择问题，进行“标记筛选”定位影响性状变化的有交互效应的基因。