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随着艾滋病防治对策的深入研究，权利冲突问题越来越凸显出来。在生命权与专利权之冲突中，生命权应该先于专利权获得保护。在艾滋病病毒感染者和艾滋病病人的就业权与用人单位的选择权冲突中。政府应该本着平等、正义价值保障其平等就业权；在艾滋病病毒感染者和艾滋病病人的隐私权与其利害关系人知情权的冲突中，保护知情权应当先于隐私权；在艾滋病病毒感染者和艾滋病病人接受治疗的权利与医疗机构的经营权冲突中，应该反对侵犯其接受治疗权的行为。