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运用数据包络分析（DEA）和回归分析方法分析了新疆1998—2012年近15年间耕地生产效率和影响耕地生产利用的主要因素。结果得出：（1）新疆近15年耕地生产纯技术效率较高,且历年耕地生产规模报酬为递增状况;（2）非DEA有效地区主要原因源自于投入指标与产出指标没有达到最优配置,造成了资源浪费与产出不足;（3）影响耕地生产效率的因素对耕地生产影响程度由大到小依次为灌溉面积比例、复种指数、人均耕地面积。今后应该通过提高资源利用效率和更新农业生产设备、扩大规模经营等来提高耕地生产效率。