【摘 要】
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目的 对湖南省长沙市手足口病患儿咽拭子中分离的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株进行全基因组序列及分子进化特征分析.为手足口病的疫情防控提供理论数据支持.方法 利用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞对2019年6月长沙市常规监测的手足口病病例咽拭子标本进行病毒分离,提取病毒RNA序列进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymer-ase chain reaction,RT-PCR),并利用
【机 构】
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湖南省长沙市疾病预防控制中心微生物检验科,湖南长沙 410004
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目的 对湖南省长沙市手足口病患儿咽拭子中分离的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株进行全基因组序列及分子进化特征分析.为手足口病的疫情防控提供理论数据支持.方法 利用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞对2019年6月长沙市常规监测的手足口病病例咽拭子标本进行病毒分离,提取病毒RNA序列进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymer-ase chain reaction,RT-PCR),并利用Illumina二代测序技术对其进行全基因组序列测定,利用MEGA 6.0构建系统进化树,用BioEdit和Simplot软件进行重组和进化分析.结果 手足口病患儿的咽拭子中分离的CV-A4毒株为1株重组毒株,毒株命名为S270/Changsha/CHN/2019(简称S270),序列全长为7 454 bp.基于核苷酸序列的进化树结果表明,S270毒株的结构蛋白区域(P1)属于CV-A4分支,非结构蛋白区域(P2和P3)属于CV-A2分支.S270毒株与AY421762株(简称CV-A4代表株)对比,核苷酸序列P1区的同源性为85.05％;非结构蛋白P2和P3区的同源性为83.90％.全基因组氨基酸序列与CV-A4代表株的同源性为84.7％.VP1区氨基酸序列与CV-A4代表株的同源性为83.8％,氨基酸位点出现A55T和M229T两个突变.重组位点分析发现S270毒株全基因组重组位点发生在2B非结构蛋白区域,位于基因组序列位点约3 849 bp位置.结论 S270分离株属于CV-A4重组毒株,基因重组位点位于2B区内,属于GI基因群的GIB亚型.
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