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根据丙氨酸饱和多肽链的分子结构，定义了两种不同的刚体结构，然后基于刚体动力学模型采用AMBER和AMOE—BAPRO两种力场对丙氨酸饱和多肽链的折叠进行分子模拟，并将结果同全原子模拟做了比较．研究结果表明利用刚体动力学模型研究丙氨酸饱和多肽链的折叠不仅与刚体结构的划分有关，还依赖于对力场的选择。