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国家自然科学基金对科研项目投入是保障基础研究可持续发展的基本条件和重要资金来源,科学基金科研项目经费管理成为科学基金绩效管理体系的重要组成部分。通过比较中美科学基金科研项目经费的管理规定、内涵界定、核算模式及监督机制四个方面的核心内容,发现我国自然科学基金科研项目经费管理存在管理规定不完善、内涵界定不完整、间接费用的核算与结余经费管理不科学以及监督部门行使内部管理职能等问题,并提出相关建议和决策参考。