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人们通常认为,废水中除N、P外含有足够的徽量元素供微生物生长需要。事实并非如此,一些工业废水常常缺乏甲烷菌必要的N、P以外的无机营养元素,即使对城市污水、污泥的研究证明,由于缺乏Fe元素而限制了甲烷菌的活性。近年来研究成果表明,甲烷菌对S的需要量远比通常认为的要多,大体上与N的需要相当;Ni、Co、Fe也是甲烷菌必要的元机营养元素。