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筛选与抗赤星病位点紧密关联的分子标记，为烟草分子标记辅助育种提供依据。利用404对SSR引物对96份烟草种质材料进行基因组扫描，分析其群体结构，并进行烟草赤星病抗性关联分析。结果表明，在两种不同环境条件下共检测到38个与烟草赤星病抗性显著关联的分子标记（P≤0.01），其中标记PT60236、PT50668、PT50176、PT53770、PT60080和PT50727关联强度较大或在不同环境条件下被重复关联到，分别位于6号、8号、9号、19号、3号和23号烟草连锁群上。关联到的分子标记可以用于烟草抗赤星