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协作网通常被用于描述各种社会关系,相似的概念也可以应用到转录调控网络的研究中.针对被调控基因共享转录因子的相似性,可以建立一个被调控基因协作网,同样,根据转录因子调控基因的相似性可以建立一个相对较小的转录因子协作网.对被调控基因协作网的聚类研究发现,大部分的类都显著地富集一个或者多个GO功能注释.进一步的结果分析发现某些GO注释的基因更倾向于共享相似的调控机制.这表明,在协作网中,相对简单的调控机制相似性能捕捉生物功能相关的信息.并且,将在二部图分析中使用的概念--“异常点”引入到协作网的分析中,发现协作网的异常点和致死基因有相关性.综上所述,协作网的方法是分析转录调控网络的一个有用的补充.