目的比较册亨县龙滩水电站库区涉淹前后炭疽、乙脑及疟疾等自然疫源性疾病发病情况,为防控工作提供科学依据。方法运用描述流行病学的分析方法对册亨县2000-2011年炭疽等自然疫源疾病疫情资料进行分析。结果从2000年以来,册亨县炭疽、乙脑发病率一直处于下降趋势,发病率分别波动在0.41/10万~20.62/10万、0.82/10万~7.38/10万,且乙脑从2008年后均处较低发病水平;疟疾从2006年后发病率一直处于上升趋势,波动在3.15/10万~43.85/10万,高峰期在2006-2009年。涉淹乡镇涉淹前后比较,炭疽、乙脑发病率涉淹前高于涉淹后,差异有统计学意义(炭疽U=12.7,P<0.01,乙脑U=3.91,P<0.05);疟疾发病率涉淹前低于涉淹后,差异有统计学意义(U=7.49,P<0.01)。结论龙滩水电站库区涉淹镇涉淹后,由于疫源地的变化,部分炭疽历史疫源地被淹没于水中,可能降低了动物间的炭疽发病率,从而也降低人群发病的风险。乙脑、疟疾发病与媒介密度有关,涉淹后增加了蚊媒的孳生地,同样增加了人群发病的风险。可通过预防接种乙脑疫苗,开展健康教育,实施灭蚊、防蚊等措施降低发病率。