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国家高新区经过近二十年的成长，在多种因素的影响下，不同地区的国家高新区呈现出了不同的特征，同时也处在了不同的发展阶段上，在不同发展阶段上的国家高新区需要采用不一样的发展战略。鉴别不同发展阶段特征的重要因素是创新能力，故本文以创新能力的定量评估和差异化分析为基础，将全国35个主要的国家高新区划入为要素集聚阶段、产业集群化发展阶段和创新驱动阶段等三个不同的发展阶段，最后根据不同阶段的高新区所凸显出来的差异化问题提出相应的发展策略。