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与传统干磨乙醇生产工艺相比，玉米干法分离遇到发酵率较低（10％～15％）和残糖含量较高（〉2％W／V）的问题。较低发酵率是由于胚芽在脱胚过程中微量营养素的损失所致。与传统工艺相比，最终乙醇浓度较低是由于胚芽和玉米皮纤维中淀粉的损失。美国有些干磨乙醇生产厂已经采取了干法分离工艺分离出胚芽和玉米皮纤维，