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菌根生态学是当今菌根学研究的一个重要领域。自21世纪以来，国际上有关菌根学的研究主要有两个趋势，其一，是以菌根在生态系统中的功能为主的宏观生态学研究，即菌根生态学研究；其二，是以分子生物技术为主的菌根分类学研究，提出了区别于经典分类学的新的丛枝菌根真菌分类体系。与国外菌根学发展方向一致，当前我国菌根学界的研究工作也逐渐转移到以菌根生态学为主的发展方向上来，这在2014年7月举办的第十二届全国菌根学术研讨会上已经得到了清晰展示。