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连作障碍是限制黑龙江地区大豆产质量提高的主要因素。本项研究的主要目的是探究连作大豆根腐病发病期病原真菌菌群结构，为生物防治大豆根腐病奠定基础。采用PCR—DGGE技术，分析不同连作年限苗期大豆土壤中的3个大豆品种根系以及根际土壤根腐病病原真菌菌群结构。试验结果表明：随着连作年限的延长，3个大豆品种苗期根系以及根际土壤根腐病病原真菌丰度值以及多样性指数随之增加：并且不同大豆品种间根腐病病原真菌菌群结构也存在差异；聚类分析结果验证了连作年限、大豆品种均对根腐病病原真菌菌群结构产生影响。