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运用DEA和EMS模型，对“十一五”国家科技支撑计划生物种业项目绩效进行评价分析，得出其项目整体投入产出效率较好、而经济效益产出不足的结论，因此，在未来的生物种业项目管理中，应进一步加大项目立项前的产业需求调研和项目立项中的农业企业专家的话语权，以更好地促进科技与经济相结合的紧密程度，提高项目科技成果向现实生产力转化的能力和水平。