以2003-2008年中国制造业28个行业面板数据为样本,选取行业固定资产净值年平均余额、年末从业人员数和能源消费为投入指标,行业总产值、SO2排放量为好和坏的产出指标,运用非参数数据包络分析的DEA-Malmquist生产率指数法测算了考虑环境效应的制造业行业全要素能源效率指数;并运用Tobit模型研究了全要素能源效率的影响因素。研究结果显示:考虑环境效应的中国制造业行业全要素能源效率总体呈现稳步增长趋势,但远低于不考虑环境污染时制造业全要素能源效率,技术进步是制造业全要素能源效率提高的主要原因;分行业看,重工业行业的全要素能源效率显著高于轻工业行业,且行业内部差异显著;全要素能源效率增长率较高的行业主要集中在垄断程度高、进入壁垒高的行业,增长率较低的行业主要是劳动密集型行业;外资水平、资本深化和市场竞争对轻工业的全要素能源效率有显著正向影响,企业规模的扩大对重工业提高能源效率有积极作用,外资水平提高在一定程度上降低了重工业的全要素能源效率。