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文章从中央财政专项转移支付视角，运用DEA方法实证研究了2003-2011年农业综合开发项目财政支出省际效率差异。结果表明：九年间农发项目财政支出综合效率均值大于0．8，总体有效；2011年的项目纯技术效率与规模效率较高地区占样本地区的58．06％，两率对于省区项目财政支出效率的提高具有共同制约作用；九年间专项转移支付在项目的资金占比均值为0．357778，该均值的波动与项目财政支出效率呈正相关性。最后，提出了具有可操作性的优化农发项目资源再分配机制的政策性建议。