小流域是农业面源、工业源发生和汇集的源头,小流域的水质状况将直接影响着整个流域的水质安全.本文以重庆市涪陵区李渡新区小流域为研究对象,结合高通量测序技术分析了小流域内径流及受纳水体微生物的群落特征,考察了水体理化因子对水体中微生物多样性的影响.结果表明,李渡新区小流域是受纳水体中亚硝态氮和溶解性有机碳的重要来源.小流域内流经不同污染源的水体微生物丰富度和多样性没有呈现显著的差异性,微生物多样性指数与水体总磷(r为-0.79 ～-0.84,P≤0.01)和磷酸盐(r为-0.71～-0.80,P≤0.01)含量均呈极显著负相关关系.门水平上,流经农业区的径流以放线菌门(37.33％±14.69％)占比最大,其次是变形菌门(32.53％±7.18％)、蓝细菌门(14.65％ ±22.64％)和拟杆菌门(8.50％±3.67％)等;流经工业区的径流以变形菌门(43.67％±10.80％)占比最大,其次是拟杆菌门(25.33％±11.97％)、放线菌门(24.17％±14.66％)和厚壁菌门(2.53％±0.72％)等.属水平上,流经农业区的径流以hgcI_clade(19.08％±13.46％)占比最大,其次是CL500-29_marine_group (7.40％±4.44％)和Limnohabitans (7.05％±3.14％)等;流经工业区的径流以黄杆菌属(20.40％±12.37％)占比最大,其次是hgcI_clade(15.30％±11.11％)和不动杆菌属(9.33％±11.50％)等,径流水体中的黄杆菌属可能与流域内工业源的输入有关.亚硝态氮、总磷、磷酸盐、pH和Zn2等是影响小流域水体微生物群落的主要环境因子,对微生物群落的解释量分别为0.26、0.21、0.20、0.15和0.14.DOC、硝态氮、Cu2、Zn2+、Mn2+和As3+等也与水体中某些微生物菌属的占比存在一定的相关关系.