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通过问卷调查和访谈发现目前基层医疗卫生机构绩效管理面临的主要困境为绩效工资总量不高且结构失衡、缺乏完善的绩效考核分配制度、基层卫生机构院长绩效管理水平有待提高、缺乏针对基层医疗卫生机构特点的绩效管理培训课程。建议给予基层医疗卫生机构分配自主权,增加绩效工资总量,提高奖励性绩效工资比例;推动基层医疗机构院长职业化,并重视绩效管理知识培训;设计出一套符合基层医疗卫生机构特点的绩效管理课程。