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铀矿石中常含有较高的氟含量，在浸铀过程中矿石中的氟会进入菌液中。氟离子是抑制氧化硫硫杆菌生长和影响氧化硫硫杆菌产酸能力的重要因素。试验表明，当氟离子浓度小于16mg／L时，氧化硫硫杆菌4d内生长发育良好；当氟离子浓度达到30mg／L时，其生长发育时间超过15d。当菌液中氟离子浓度小于8mg／L时，对氧化硫硫杆菌产酸能力影响很小；当氟离子浓度大于16mg／L时，对氧化硫硫杆菌产酸能力影响较大。氧化硫硫杆菌的耐氟能力可以通过驯化提高，驯化后浸铀氧化硫硫杆菌适应氟浓度能力可达40mg／L。