目的以脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)为金标准,评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)在多重耐药铜绿假单胞菌(multi-drug resistant Pseudomonas aeruginosa,MDR-PA)同源性分析中应用的可行性。方法收集陆军军医大学第三附属医院2017年1-12月重症监护病房住院患者分离的20株MDR-PA非重复菌株,利用VITEK MS SARAMIS软件对MDR-PA蛋白图谱进行聚类分析,同时对其进行PFGE同源性分析,并将两种方法所得的分型结果进行对比分析。结果 MALDITOF MS同源性分析结果与PFGE同源性分析结果比较显示,20株MDR-PA通过MALDI-TOF MS聚类分析将其分为三大簇(Ⅰ型13株,Ⅱ型6株,Ⅲ型1株),而依据PFGE分型结果则将其分为6种亚型(A型2株,B型3株,C型4株,D型3株,E型7株,F型1株),其中有C型和E型中具有相同基因型菌株间,其MALDI-TOF MS亲缘性关系也较近,而其余4种亚型菌株间亲缘性比较,发现PFGE分型结果与MALDI-TOF MS聚类分析结果不完全相符。结论与PFGE同源性分析相比,MALDI-TOF MS同源性分析结果一致性不稳定,具有一定局限性,尚不能取代PFGE同源性分析。