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自主创新和产学研合作创新是农业类高校实现创新绩效目标的2种有效方式,探讨二者之间的关系对优化资源配置、促进创新具有重要意义。从协同学视角出发分析农业类高校自主创新和产学研合作创新二者协同发展的关系,构建了基于序参量的复合系统协同发展模型,运用2009—2017年的相关数据对农业类高校创新系统协同发展进行实证研究。结果表明:2009—2017年期间创新协同度大小一直处于负数状态,但近几年负数在逐渐向正数转变;有效发明专利的件数逐年稳步增长,但有效发明专利件数的增长率逐年下降,增长率下降可能就是由于协同度大小