以青海省海北藏族自治州刚察县全放牧牦牛瘤胃内容物为样本,使用细菌通用引物进行瘤胃细菌16S rRNA基因序列的扩增,以16S rRNA序列分析技术分析牦牛瘤胃细菌多样性,并构建16S rRNA基因克隆文库。结果表明:获得114个非嵌合体序列属于93个OTUs(相似性≥97%作为一个OTUs),其中64个OTUs与已知16S rRNA序列相似性≥97%,占总代表序列的68.82%;有27个OTUs与已知16S rRNA序列相似性处于90%~96%,占总代表序列的29.03%;有2个OTUs与已知16S rRNA序列相似性<90%,占总代表序列的2.15%。这93个OTUs序列已向Genebank提交,序列号为(KP455685~KP455713,KP765451~KP765514)。将93个OTUs代表序列与已知序列构建系统发育树的分析表明,青海放牧牦牛瘤胃细菌主要分为LGCGPB(the low G+C Gram positive bacteria)和CFB(the Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides group)两大类;而瘤胃内纤维降解菌主要属于LGCGPB这一类。同时在瘤胃内容物中还检测到了14株已培养瘤胃细菌,其中6株属于纤维降解菌,说明了全放牧条件下牦牛瘤胃内纤维降解菌的优势地位。