实施创新驱动发展战略、强调科技创新是提高全社会生产率和综合国力的战略支撑,必须摆在国家发展全局的核心位置。近年来,国家财政科技支出快速增长,评价公共研发投资的生产率效应和结构效应势在必行。基于公共产品的视角,通过将公共R&D资本服务和技术进步引入列制造业成本函数,运用大规模微观非平衡面板数据集的20个两位数制造业部门企业数据,估计了行业的平均成本函数及要素份额函数,测算了公共R&D的平均成本弹性、要素需求弹性以及边际效益。研究发现:总体上看,样本期内公共R&D的生产率效应不够明显,但结构效应更为显著,普遍增加了制造业对劳动力的吸纳能力,导致所有行业的资本一劳动比和中间品一劳动比均有下降,提高了劳动力与物质资本、中间品的搭配比例,促进了二元经济向一元经济的转换,而对近年来增长较快的制造业部门要素配比影响较弱。公共R&D投资在耐用品制造业部门的边际效益更大。本研究为政府的行业公共R&D投入政策提供了参考建议。