成人社区获得性肺炎(community-acquired pneumonia,CAP)是全球高发病率、高死亡率的疾病之一。明确CAP的致病微生物能够指导最佳的抗感染治疗策略,改善患者预后,且具有重要的流行病学及公共卫生学价值。传统微生物学检测方法如微生物培养、尿病原体抗原检测等简便、普及性高,但受时效性、敏感性、标本运输处理、分离培养条件等多方面的限制。近年来微生物核酸分子检测技术快速发展,基于聚合酶链式反应(polymerasechain reaction,PCR)的核酸分子扩增检测能够快速定量检测目标病原体基因片段,敏感性、特异性高。二代测序技术为呼吸道微生物检测带来了重大变革,能同时测定许多病原体的保守基因序列,使对呼吸道微生物群落的研究达到前所未有的广度和深度。传统检测方法的继续改良与核酸分子检测手段的不断创新,多种检测手段的优化组合,将为临床CAP的诊断提供更全面准确的病原学信息。同时,下呼吸道微生物组学的研究有望揭示CAP发生发展与呼吸道微生物组变化的关系,使CAP的临床诊疗进入新的时代。