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万宝斑岩型钼矿位于鸭绿江有色及贵金属成矿区带内,其赋存于与北东向的鸭绿江深大断裂相交汇的次一级北西向断裂构造带中。燕山期花岗闪长岩呈岩舌状侵位于寒武系灰岩-泥灰岩地层中,在其接触部及岩体内部分别形成矽卡岩型铜矿与斑岩型钼矿。矿床的形成具多期多阶段性,受花岗斑岩小岩体和断裂构造带的双重控制,是典型的岩浆期后浅成中温热液矿床。