新疆额尔齐斯河是中国唯一流入北冰洋的河流,整个流域有着极为丰富的底栖动物资源。2012年7月、8月、10月与2013年5月分别对额尔齐斯河干流、5条主要支流以及附属水库的大型底栖动物群落结构特征进行了调查。结果表明:共采集大型底栖动物117种,其中水生昆虫106种(90.6%),软体动物6种(5.1%),寡毛类3种(2.6%),其他大型底栖动物2种(1.7%);优势种主要为似动蜉(Cinygmula sp.)、四节蜉(Baetis sp.)、直突摇蚊(Orthocladius sp.)、蜉蝣科(Ephemeridae sp.)、多足摇蚊(Polypedilum sp.)、摇蚊(Apedilum sp.)、霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)、短脉纹石娥(Cheumatopsyche sp.)、小蜉(Ephemerella sp.)、寡角摇蚊(Diamesa sp.);大型底栖动物的密度(P=0.558)与生物量(P=0.464)季节性差异不显著,年平均密度与生物量分别为519.05 ind·m-2、3.30g·m-2,大型底栖动物密度存在明显的空间差异,整体上上游(604.53 ind·m-2)高于下游(447.82 ind·m-2);大型底栖动物年平均Margalef指数、Shannon指数、Simpson指数、Pielou指数分别为1.12、0.53、0.65、0.52;聚类分析显示,多样性指数较低的185团北湾、布尔津河口、盐池、小635采样点聚为一类,其余各点聚为一类;利用科级生物指数(FBI)、Beck指数、Chandler生物记分制(CS)以及BMWP指数评价额尔齐斯河各段水质,整体上水质属轻度污染;Spearman相关性分析显示,水生昆虫的分布与水体透明度呈显著正相关,而寡毛类的分布与盐度、电导率和矿化度呈显著正相关,与电阻呈显著负相关,软体动物的分布与环境因子的关系不显著。