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大国经济体中，资源错配已成为阻碍区域协调发展的重要因素。只关注初始投入而忽略中间投入的两要素资源错配核算框架，容易导致资源错配和生产率的高估。采用2001-2007年中国工业企业数据库，从能源这一中间投入的通用部分切入，实证考察能源投入利用如何影响区域资源错配，研究结果显示：（1）纳入中间投入的三要素核算框架，可显著改善资源错配的高估问题。（2）中国资源错配问题集中于资本要素，能源类中间投入对区域资源错配产生了显著影响；在效率层面上，能源效率可降低资本、劳动力、中间投入要素的错配程度；在数量层面上，能源缺口、能源损失加剧了劳动力和中间投入要素的错配，但未对资本错配产生明确影响。