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喜马拉雅运动期源自特提斯构造域的强大挤压应力使北天山快速、大幅度隆升,并向盆地冲断,在盆地南缘发育了陆内造山型类前陆坳陷.喜马拉雅运动控制着准噶尔盆地油气晚期成藏:快速沉积的巨厚磨拉石建造使中、新生界烃源层在南缘山前坳陷中成熟排烃;在盆地南缘形成了喜马拉雅运动期成排成带的背斜构造,在盆地北部形成了一些平缓的低幅度背斜构造,为晚期油气成藏提供了有利场所;喜马拉雅运动在全盆地强化了断裂的运移通道作用.