目的：建立了液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱技术同时测定玉米粉和小麦粉中35种真菌毒素的方法。方法：样品经乙腈-水-甲酸（84:15:1）直接提取，以0.1%（体积分数）甲酸-1 mmol/L乙酸铵水-甲醇为流动相，采用HSS C18 SB色谱柱（2.1 mm×100 mm, 1.8μm）分离，在一级母离子全扫描加数据依赖的二级子离子扫描模式[Full MS/ddMS~2（TopN）]下进行采集，TraceFinder对数据进行分析，建立了真菌毒素标准数据库，并构建了玉米粉和小麦粉中真菌毒素的非定向筛查方法。结果：35种化合物在各自浓度范围内线性良好（R~2≥0.99）,检出限为0.5～20μg/kg,在2个不同浓度水平进行加标试验，回收率为60%～120%,相对标准偏差为1.2%～18.6%。采用建立的方法对市场上不同品牌的玉米粉和小麦粉进行检测，部分产品检出了不同种类和含量的真菌毒素。结论：该方法快速简便，可实现玉米粉和小麦粉中真菌毒素的准确定性和定量。