【摘 要】
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建立含有L-对硝基苯丙氨酸（p-nitro-L-phenylalanine,pNO2Phe）蛋白的分子动力学模拟方法,分析了含有pNO2Phe的蛋白具有免疫原性的构效关系,为其他含有非天然氨基酸蛋白的动力学
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建立含有L-对硝基苯丙氨酸（p-nitro-L-phenylalanine,pNO2Phe）蛋白的分子动力学模拟方法,分析了含有pNO2Phe的蛋白具有免疫原性的构效关系,为其他含有非天然氨基酸蛋白的动力学模拟研究提供参考。使用CGenFF-paramchem计算天然氨基酸中不存在的L-对硝基苯丙氨酸的新的成键、键角、二面角信息与能量,将新成键的键长、键角、二面角参数与相应的能量信息写入CHARMM（chemistry at Harvard macromolecular mechanics）力场参数文件中。重新定义L-对硝基苯丙氨酸的CHARMM力场参数后,利用纳米分子动力学（NAMD）成功对含有L-对硝基苯丙氨酸的B淋巴细胞刺激因子（BAFF）进行动力学模拟。统计动力学模拟过程中的每一帧体系的温度,作出的温度分布图符合正态分布,证明了新定义力场参数的稳定性。模拟结果中,蛋白的均方根偏差（RMSD）在趋近于2.5,pNO2Phe残基的均方根涨落（RMSF）为3.7,显著高于分子的其他部位,表明pNO2Phe残基运动剧烈,蛋白在该残基附近结构的可变性较大,可能会产生新的构象表位,为含有pNO2Phe蛋白成为自体疫苗的设计提供了理论上的可行性。
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