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【目的】明确吐鲁番地区西瓜花叶病毒（WMV）、小西葫芦黄化花叶病毒（ZYMV）、南瓜蚜传黄化病毒（CABYV）的发生情况及三种病毒不同来源分离物间的遗传差异。【方法】采用分子检测方法,确定吐鲁番地区甜瓜CABYV、WMV、ZYMV的侵染比例,应用序列比对及构建系统发育树分析三种病毒,吐鲁番分离物与国内外其他分离物间遗传差异。【结果】吐鲁番地区40份病毒病样中WMV、ZYMV、CABYV分子检测阳性比例分别达87.5%、50%、30%。ZYMV吐鲁番分离物等部分国内外分离物NIB与CP蛋白之间存在蛋白切割位