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匙指虾科Atyidae物种体型较小，形态鉴定及谱系分类较为困难。为了深入研究匙指虾科物种鉴定、分类及遗传进化等相关内容，利用DnaSP 6、PhyML 3.1、MEGA 5.0、MrBayes v3.2.6及BEAST v2.6.3软件对NCBI数据库中24个匙指虾科物种线粒体全基因组序列进行分析，揭示了匙指虾科物种线粒体基因组的基本特征、分子标记及系统发育关系。结果表明：匙指虾科物种线粒体基因组的长度为15 318～16 430 bp，AT含量为62.20%～70.19%；24个匙指虾科物种线粒体基因组基因的组成和排列模式保持一致；线粒体基因组差异位点分析显示，nd5和nd4基因变异位点比例较高且变异位点数最多；基于13个蛋白质编码基因（protein-coding genes， PCGs）的核苷酸序列进行系统进化分析显示，除亚科Paratyinae为单系群外，Typhlatyinae和Caridellinae 均非单系群，三者亲缘关系较近而聚为一大支，与单独成为一个类群的Atyinae成姊妹关系；根据分子钟估算结果推测Paratyinae， Typhlatyinae和Caridellinae物种最近的共同祖先可能出现在石炭纪中期到二叠纪时段，Atyinae物种最近的共同祖先可能出现在二叠纪早期到侏罗纪时段，随后进一步分化为具有现代特征的匙指虾科种类。研究表明，nd5和nd4基因可作为匙指虾理想的分子标记来进行物种遗传分析，Typhlatyinae和Caridellinae的单系性仍存在争议，地理板块运动对匙指虾科物种分化具有重要影响。