本研究旨在克隆苎麻纤维素合酶基因BnCesA3全长编码序列，并对其表达模式进行分析。苎麻（Boehmeria nivea L.）是一种传统的纤维作物，该作物能生产最长的天然纤维，其转录组测序的结果为苎麻基因的克隆和功能研究提供了丰富的信息，经序列比对分析表明其中的一个Unigene的序列与拟南芥（Arabidopsis thaliana）纤维素合酶家族成员AtCesA3相似度最高，相似度为86.5%。该Unigeneh的序列片段含有一段不完整的蛋白编码信息，本研究在此基础上通过RACE技术得到了其两端序列，与原序列拼接得到了该基因的全长cDNA序列。并克隆得到了其全长编码区。经序列比对，鉴定为苎麻的BnCesA3基因。RT-PCR分析表明，该基因在‘湘苎三号’苎麻不同组织中的表达量为茎皮＞叶＞茎顶＞根，且在4个不同苎麻品种的茎皮中表达有明显的差异。BnCesA3基因的克隆与表达分析为进一步研究该基因的功能提供了科学依据，并且苎麻BnCesA3在茎皮中高表达提示该基因可能在苎麻韧皮纤维合成中有重要作用。