目的:采用高效液相色谱法建立新疆紫草药材的特征图谱,并同时测定5种紫草类药材（软紫草属新疆紫草、内蒙紫草、滇紫草属长花滇紫草、滇紫草属滇紫草、硬紫草属硬紫草）6个主要羟基萘醌色素类成分的含量,比较不同基原紫草的化学成分差异。方法:以紫草素、乙酰紫草素、β-乙酰氧基异戊酰阿卡宁、异丁酰紫草素、β,β′-二甲基丙烯酰阿卡宁、2-甲基丁基酰紫草素为对照品,采用YMC Pack ODS-A色谱柱（250 mm×4.6 mm,5μm）,以乙腈-0.05%甲酸水溶液（70∶30）为流动相,流速1 m L·min^-1,检测波长275 nm,柱温30℃;采用CHEMPATTERN化学计量学软件对结果进行处理分析。结果:建立新疆紫草特征图谱,标定10个特征峰,30 min内紫草的主要色谱峰能够达到完全分离,对5种紫草类药材6个特征峰成分进行含量测定。紫草素、乙酰紫草素、β-乙酰氧基异戊酰阿卡宁、异丁酰紫草素、β,β′-二甲基丙烯酰阿卡宁、2-甲基丁基酰紫草素质量浓度分别在2.13¹ 065μg·m L^-1（r=0.999 3,n=6）、2.01¹ 004μg·m L^-1（r=0.999 8,n=6）、2.05¹ 026μg·m L^-1（r=0.999 7,n=6）、1.92⁹60μg·m L^-1（r=0.999 9,n=6）、2.00¹ 001μg·m L^-1（r=0.999 8,n=6）和1.87⁹37μg·m L^-1（r=0.999 9,n=6）范围内线性关系良好,方法的平均回收率（n=6）分别为97.6%（RSD=1.9%）、96.6%（RSD=2.2%）、97.9%（RSD=1.1%）、98.4%（RSD=1.2%）、96.2%（RSD=1.1%）和97.3%（RSD=1.7%）;19批新疆紫草中上述6个羟基萘醌类成分含量分别为0.01%⁰.37%、0.02%².42%、0.02%¹.42%、0.02%⁰.98%、0.05%¹.66%和0.09%³.15%,2批内蒙紫草中均未检出β-乙酰氧基异戊酰阿卡宁。结论:所建立新疆紫草特征图谱专属性强,结合6个主要羟基萘醌类成分含量测定能够区分各基原紫草,有助于全面评价紫草的质量,为规范紫草药材的使用提供科学依据。