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家蚕灰僵病为低频率发生的家蚕真菌性地方病,病原为爪哇棒束孢。采用ISSR分子标记对安徽潜山和浙江桐乡的2个家蚕灰僵病病原种群进行了指纹图谱分析。利用12个ISSR引物共扩增出132个位点,其中多态位点数为93个,占70.45%。在种群水平上的Nei’s遗传多样性指数（h）和Shannon’s指数（Is）具有一致性。采用UPGMA法进行聚类分析,来自2个地区的19个菌株在遗传相似系数0.76处完全按地理来源分为2个类群;基于ISSR信息的三维主坐标分析（PCA）结果与分子聚类结果一致。2个家蚕灰僵病病原种群