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1999年4月，根据国家对高等学校管理体制调整的精神，学校被划转为以吉林省管理为主，并与国防科工委共建。2001年12月，国防科工委与吉林省人民政府签署共建协议，我校由原中央部委所属高校划归地方管理，实行中央与地方共建，从而使我校的服务面向也随之发生了相应的变化。如何在新形势下发挥国防特色专业优势，更好地服务地方与服务军工科技工业，走出新的发展之路，成为共建高校面临的难题之一。