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pep_pattern.Pl,搜索蛋白质序列模体的Perl脚本
pep_pattern.Pl,搜索蛋白质序列模体的Perl脚本
来源 :华中农业大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tubage1022
【摘 要】
:
用Perl语言编写了一个pep_pattern.pl脚本,可从一组相关序列中搜索非常相似的序列片段,通过匹配所有可能的氨基酸片段的排列,统计每个匹配模体在序列中的出现频率和位置,搜索蛋白
【作 者】
:
李旭凯
彭良才
王令强
【机 构】
:
华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室/华中农业大学生物质与生物能源中心/华中农业大学植物科学技术学院
【出 处】
:
华中农业大学学报
【发表日期】
:
2014年4期
【关键词】
:
pep—pattern
PL
Perl脚本
蛋白质序列
模体
排列
pep_pattern
pl
Perl script
protein sequence
【基金项目】
:
国家自然科学基金项目(30900890,31171524)、全国博士后基金项目(20070420917)、湖北省自然科学基金项目(2009CDB324)和中央高校基本科研业务费专项(2011PY047)
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用Perl语言编写了一个pep_pattern.pl脚本,可从一组相关序列中搜索非常相似的序列片段,通过匹配所有可能的氨基酸片段的排列,统计每个匹配模体在序列中的出现频率和位置,搜索蛋白质序列中的2~4个多肽的模体。
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