吕留良博学多才,著述宏富。但因受文字冤狱祸及而被戮尸枭首,三禁其书,因之雍乾至晚清学者,对吕留良的学行罕有论及。后继研究者多关注其学术和政治之研究,少有论及其在医学上的影响.吕留良行医和著述医书,多含有政治上的因素。现存的《吕留良批评医贯》《东庄医案》《西塘感症》中的佚文、《四库全书》中的吕留良医籍等可以表现出其医学思想的特点。一是属于温补派的范畴,特别是对赵养葵的命门学说尤有发挥:擅治内伤,崇尚温补;精审脉理,阐发经旨;扶正祛邪,辩证施治;解析方剂,逐本寻源。他对复方的组成主张全面分析,与近代药化研究方向是一致的。二是在医学理论方面,吕留良援儒入医,儒而精医,具有浓厚的理学家思想色彩。他与挚友张履祥、陆陇其的学术活动直接推动了清初的"尊朱辟王"思潮的发展,他的医书医案命名、行文、组方等方面也都带有明显的理学思想。研究吕留良医书有二难:一为吕氏因文字狱株连,著作遭清廷禁毁,人人战栗,避之唯恐不及;一为吕氏不愿以医名,而多假托他人以行世。再者,吕留良在学术界是一个有争议的人物,特别是他与黄宗羲的交恶,三百年来褒贬不一,争议不断。这也可能是其医书及其在清代医学的影响不受人所重的一个因素。