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目前在反刍动物瘤胃中已经发现有200多种微生物，其中约有30多种占有主导作用。但是，过去对反刍动物瘤胃微生物区系的研究主要集中在瘤胃细菌及纤毛虫的数量、分布及其生理活动和作用等方面。直到1977年Orpin等人首次报道从绵羊瘤胃中分离出厌氧真菌，并对其进行了描述，同时阐述了对植物细胞壁的降解作用后，人们才开始转向瘤胃真菌的研究。目前人们对瘤胃的原虫和真菌还知之甚少。近期有研究表明，瘤胃真菌在降解饲料，特别是大颗粒、大片段、植物纤维过程中起着重要作用，以及发现瘤胃中的真菌还具有降解蛋白质和淀粉的能力。